”Godhavn” er en lille by på Diskoøen langt mod nord ved Grønlands vestkyst. Her bor en dansk tilflytterfamilie med tre børn, som på hver deres måde forsøger at finde sig til rette i det lille fangersamfund. Den yngste datter, Bjørk, starter i skole, og snart mister hun den tætte kontakt til sine grønlandske venner, som skal gå i den grønlandske klasse. Den indadvendte og sårbare dreng, Knut, har en bedste ven, som skal rejse tilbage til Danmark. Og den ældste søster, Hilde, der er sin fars øjesten, truer familiefreden da hun bliver forelsket i drengen Johannes.
I fortællingens midte står selv samme Johannes. Med sin evne til at tilpasse sig trænger han ind i familien og bliver det utilregnelige punkt som begivenhederne udspiller sig omkring. Indtil de pludselig tager en uventet drejning og kommer ud af kontrol.
Foruden at være en fortælling om livet i et det barske Arktis med sultne slædehunde, vådeskudsulykker og små og store intriger, handler ”Godhavn” om en særlig periode i den dansk-grønlandske historie, hvor mange danske familier rejste ud for at leve på en ny måde i radikalt anderledes omgivelser, noget som ikke mindst børnene måtte lære at leve med.