I Den hemmelige kok går journalist Mats-Eric, som flere gange har optrådt i dansk tv som ekspert i fødevarefusk, i kødet på de fødevarer, vi forbrugere intetanende køber og spiser dag efter dag med god samvittighed. Hans research fører ham bagom produkternes varedeklarationer og til afsløringer af, hvad der i virkeligheden gemmer sig bag de mange E-numre.